De nombreux agents pathogènes responsables de maladies infectieuses ou parasitaires sont présents dans les sécrétions ou les déjections animales, fécales ou autres. Les fumiers sont concernés par cette situation et demandent donc la mise en place de précautions particulières lors de leur gestion.

Une population bactérienne conséquente, une présence virale persistante, quelques parasites de stabulation particulièrement résistants
Les litières concentrent en premier lieu les bactéries responsables des diarrhées, excrétées avec les fèces. De plus, les eaux fœtales, les sécrétions utérines et vaginales, les placentas peuvent contenir en grandes quantités les agents responsables des avortements et des infections génitales. Enfin, des bactéries responsables de diverses infections cutanées, podales, ombilicales, rénales peuvent être évacuées vers les effluents avec les suppurations, l’urine et divers excrétats. À l’exception des formes sporulées, la durée des risques engendrés va de quelques jours à quelques mois. Les virus persistent plusieurs mois dans les déjections à des concentrations élevées. Ils ne sont que faiblement touchés par les fermentations et par l’élévation de température. Quelques maladies virales animales peuvent être occasionnellement transmises par les effluents d’élevage comme les gastro-entérites dues aux coronavirus ou rotavirus. Quelques parasites assurent leur recyclage par les bouses en stabulation, c’est le cas des coccidies et cryptosporidies ou des ascaris et strongyloïdes.

Des pathologies particulièrement à risques
En matière de diarrhées néonatales, le risque d’infection bactérienne et virale et d’infestation par les ookystes (coccidies, cryptosporidies) est élevé et durable. Les virus sont très persistants dans leur environnement. La pathologie observée évolue rapidement vers un stade d’épidémie avec des veaux présentant des excrétions importantes d’éléments contaminants et donc une contamination massive du milieu. Les clostridies sont très résistantes dans le milieu extérieur. Sous leur forme de spore, elles peuvent survivre plusieurs années voire plusieurs dizaines d’années. Les maladies, les plus connues, dues aux clostridies rencontrées dans les élevages sont les suivantes : entérotoxémies, tétanos, botulisme. La principale caractéristique de Mycobacterium paratuberculosis, germe responsable de la paratuberculose est son extrême résistance dans le milieu extérieur, en particulier en terrain humide et acide. La persistance du germe dans les fumiers est de l’ordre de 150 jours.